SWFはオープンフォーマットなので（誰でも？！）SWFを生成するソフトウエアやスクリプト言語のモジュール等を作ることができます。

フォーマットがオープンになっていればコンパイルしたファイルの解析もできるわけで、すでに多くの逆コンパイラがリリースされています。ただし解析精度はそれぞれ千差万別だと思いますが・・・

と言うことで逆コンパイラからどうやってSWF（スクリプト）を保護するかの具体例が以下のサイトにありましたので興味のある方はどうぞ。

基本的にスクリプトの内容は隠せないと思った方が良さそうです。
それを頭に置いてパスワード等の重要情報をスクリプトに埋め込まないと言うことが必要です。
詳細は上記リンクページをどうぞ。
（__bytecode__("");に書き換える例は手動でやると本末転倒な感じがしますが逆コンパイラから保護するための専用ソフトウエアも複数リリースされているので精度は分かりませんがそれを利用するのもひとつのシンプルな方法です。）